黑星盟消失后，城市恢复了和平。一宏和朋友们尝试新的融合能量并开始调查陆地上的元珠能力者陆地能力团。某天，陆地能力团攻击了海底宫殿，面对拥有新武器的蛮酷二人组，一宏毫无还击之力。而后，曾前往异次元寻找黑星盟的齐冰洋回来了。变得更强大的齐冰洋一行人决定帮助一宏和朋友们对抗陆地能力团。在黑星皇消失的地球上，陆地能力团企图通过消灭海里的能力者来控制地球。海陆两地的元珠能力者间的战争就此展开！

阿力和贝贝都是优秀的科研小潜艇，他们是一对非常好的拍档，在《潜艇总动员》中，他们共同完成了很多次的训练和任务，这一次，两个小家伙将面临什么样的神秘而有趣的挑战呢？  　　著名的海洋研究学家及水下考古考古学家苏红博士拥有四枚加勒比海盗藏在深海中的上古勋章的仿制品，四枚勋章分别代表了智慧、勇气、友谊和正义。这一天，苏红博士召集阿力和贝贝，交代他们如果能够完成一项任务将会获赠一枚勋章，如果能够收集齐四枚勋章，小家伙们将获邀去泉州参加海洋博物馆的开幕仪式，并将获得博士赠送的神秘奖励，这让小潜艇们激动不已，跃跃欲试！  　　阿力和贝贝和海上摩托艇蛙蛙、宠物猴淘淘、海上单脚滑行艇石头等小伙伴一起，团结合作、不畏困难，相继出色完成了地中海埃及女王皇冠搜寻、北冰洋佩斯号残骸搜寻、阿拉伯海古城石板搜寻、整合沉船文物保护的任务，陆续获得博士颁发的四枚勋章并回到泉州，经历惊险的搜寻后找到郑和沉船的船锚，把这珍贵的文物当做礼物送给即将开幕的泉州海洋博物馆。  　　小潜艇们不负众望完成了苏红博士交给他们的所有任务，苏红博士兑现自己的诺言，她安排在泉州海洋博物馆开幕式上，燃放了小潜艇形象的烟花作为惊喜奖励。  　　通过海洋探险的经历，小潜艇们不仅变得更加成熟、勇敢、团结、合作，还了解到悠久的海洋文明、学会了海洋文物保护等很多有用的知识，从而成为真正的潜艇小英雄！

故事发生在一个虚构的科幻世界之中，在这里，拥有着超能力的异能人和普通人生活在一起，曾经，因为超能力被滥用至失控，人类经受了惨痛的教训，因此，在创伤渐渐恢复之后，这些超能力者便沦为了遭受政府严密监控的“二等公民”，处处受人歧视，甚至遭到了军方追捕，被捉到的人将会被送往隔离 区隔离。  　　克洛伊（莱克西•科尔克Lexy Kolker 饰）是一个单纯善良的孩子，和父亲（埃米尔•赫斯基Emile Hirsch 饰）过着相依为命的生活。平日里，父亲严禁克洛伊踏出家门一步仿佛屋外的世界充满了危险。一天，在冰淇淋的诱惑下，克洛伊偷偷的出门了，并且意外的得知，自己的母亲或许依然活在世上。

阴间大法师（迈克尔·基顿 Michael Keaton 饰）回来了！在发生一场意想不到的家庭悲剧后，迪兹家族的三代家人又回到冬河镇的家中。丽迪亚（薇诺娜·瑞德 Winona Ryder 饰）仍然受到阴间大法师的纠缠，当她叛逆的女儿阿斯特丽德（珍娜·奥尔特加 Jenna Ortega 饰）在阁楼发现了神秘的小镇模型，以及通往阴间的入口不小心被打开之后，她的生活就被搞得天翻地覆。当阴间和阳间开始出现麻烦时，迟早会有人说出阴间大法师的名字三次，然后这个调皮捣蛋的恶魔就会回来，释放他独特的混乱力量。

因为战争的缘故，安格斯•麦克莫洛（亚历克斯•以特尔 饰）的父亲远征战场。他与母亲、姐姐一起居住，他与父亲感情深厚，每天都期待着父亲能够回家团聚。  　　安格斯喜欢浩瀚的大海，却畏惧下水游泳。一天他在海边发现了奇怪的石头。原来这是颗蛋，当一条奇怪的爬行动物出现在安格斯的面前时，他惊讶极了。他为这只小动物改名“克鲁索”，克鲁索即使淘气，却十分听从安格斯的话。安格斯把克鲁索当作自己的朋友，精心照顾，但克鲁索越长越大，他害怕母亲要他放弃克鲁索。  　　这时他们的大房子被军队征用做栖身之地，安格斯便要更加小心了。但还是无法避免的因为克鲁索的淘气发生了许多荒唐事。幸好，安格斯有男佣刘易斯的帮忙，他们把越长越大的克鲁索放进了尼斯湖中。  　　安格斯时时跑去与克鲁索玩耍，首次在克鲁索的带领下潜入了水底。但生活存在着暗涌，当地人开始发现了克鲁索的存在，想借此成名。就连住在安格斯家中的军队，也误以为巨大的克鲁索是敌方的潜艇，对可怜的它发出攻击，安格斯拼命营救。